Поради поволната географска местоположба и одличните природни карактеристики, територијата на денешниот град Кочани била населена од најстарите антички времиња, најпрво од Пајонците, Медите и Траките, а во 80-те години од VI век почнуваат да се населуваат Словените. До VII век припадници на племето Смолјани ја колонизираат Кочанската Котлина и се утврдуваат во неа.
Браќата Кирил и Mетодиј, основоположниците на словенската писменост од 845- 855 г. престојувајќи во Брегалничката област (Мородвиз) отпочнале со ширење на христијанството на словенски јазик.
Иако населбата постои од порано, името Кочани во пишан документ за првпат се среќава од 1337 година. Од крајот на XIV век Кочани е под османлиска власт. Патеписецот Евлија Челебија во 1662 година зборува за населба од 600 куќи и 15 дуќани. Во овој период, поточно во 1670 година дошло до големо насилно потурчување на македонското население. Тоа го извршил великиот везир Мехмед Ќуприли. Тогаш Кочани примило турска физиономија. Биле изградени доста кули (тврдини) кои служеле како набљудувачки стражарски места, бидејќи од самиот град во котлината не можело да се види што се случува во околината. Во тој период е лоцирана и изградбата на средновековните кули во Кочани кои имале станбено-одбранбена функција. Едната имала намена на саат-кула и звучно го означувала времето.
Кочани и околината останале со мнозинско турско население сe до XIX век, кога дошло до обратен процес – емигрирање на турското население во својата матична земја.
Градот растел во XVIII, XIX и особено во XX век, по завршувањерто на изградбата на железничката пруга во 1926 година, што придонело за подобрување на транспортните врски со останатиот дел од државата.
